หน่วยตรวจสอบภายใน มหาวิทยาลัยราชภัฏมหาสารคาม ได้จัดตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 26 เมษายน พ.ศ. 2546 เป็นหน่วยงานที่รับผิดชอบงานตรวจสอบภายในของมหาวิทยาลัยราชภัฏมหาสารคาม โดยมีโครงสร้างการบริหารงานขึ้นตรงต่ออธิการบดี มีบทบาทภารกิจเพื่อปฏิบัติหน้าที่ให้เป็นไปตามระเบียบคณะกรรมการตรวจเงินแผ่นดินว่าด้วย การกำหนดมาตรฐานการควบคุมภายใน พ.ศ. 2544 ระเบียบกระทรวงการคลังว่าด้วยการเก็บรักษาเงินและนำเงินส่งคลัง พ.ศ. 2520 ระเบียบกระทรวงการคลังว่าด้วยการตรวจสอบภายในของส่วนราชการ พ.ศ. 2542 และระเบียบคณะกรรมการการตรวจเงินแผ่นดินว่าด้วยการปฏิบัติหน้าที่ของผู้ตรวจสอบภายใน พ.ศ. 2546 โดยระยะเริ่มแรกมี ผู้ช่วยศาสตราจารย์เข็มทอง
นิ่มจินดา ปฏิบัติหน้าที่เป็นประธานกรรมการคณะกรรมการตรวจสอบภายใน ตามคำสั่งสถาบันราชภัฏมหาสารคาม ที่ 0737/2546 สั่ง ณ วันที่ 26 เมษายน 2546

ต่อมาเมื่อวันที่ 17 กรกฎาคม 2550 คณะรัฐมนตรีได้มีมติกำหนดให้มีกลุ่มงานตรวจสอบภายในไว้ในกฎกระทรวงการแบ่งส่วนราชการ หน่วยตรวจสอบภายใน มหาวิทยาลัยราชภัฏมหาสารคาม จึงเป็นหน่วยงานที่จัดตั้งขึ้นตามมติคณะรัฐมนตรี เมื่อวันที่ 17 กรกฎาคม 2550 ดังกล่าว เพื่อตรวจสอบและปฏิบัติให้เป็นไปตามระเบียบกระทรวงการคลังว่าด้วยการเบิกจ่ายเงินจากคลัง การเก็บรักษาเงินและการนำเงินส่งคลัง พ.ศ. 2551 ระเบียบกระทรวงการคลังว่าด้วยการตรวจสอบภายในของส่วนราชการ พ.ศ. 2542 ระเบียบคณะกรรมการการตรวจเงินแผ่นดินว่าด้วยการปฏิบัติหน้าที่ของผู้ตรวจสอบภายใน พ.ศ. 2546 และนโยบายของรัฐตามพระราชกฤษฎีกาว่าด้วยหลักเกณฑ์และวิธีการบริหารกิจการบ้านเมืองที่ดี พ.ศ. 2546

           ปัจจุบันหน่วยตรวจสอบภายในจัดตั้งขึ้นตามพระราชบัญญัติวินัยการเงินการคลัง พ.ศ. 2561 ซึ่งมีผลบังคับใช้เมื่อวันที่ 20 เมษายน 2561 โดยมาตรา 79 บัญญัติให้หน่วยงานของรัฐจัดให้มีการตรวจสอบภายใน การควบคุมภายใน และการบริหารความเสี่ยง ดังนั้น กระทรวงการคลังจึงได้กำหนดหลักเกณฑ์กระทรวงการคลังว่าด้วยมาตรฐานและหลักเกณฑ์ปฏิบัติการตรวจสอบภายในสำหรับหน่วยงานของรัฐ
พ.ศ. 2561 และที่แก้ไขเพิ่มเติม ให้หน่วยงานของรัฐถือปฏิบัติ